甘南州是黄河、长江上游重要的水源涵养区和补给区，是国家重要的高原生态安全屏障。国务院在《全国主体功能区规划》中，将甘南州的玛曲、碌曲、夏河、合作、卓尼、临潭六县市列为甘南黄河重要水源补给生态功能区，将舟曲、迭部两县列为秦巴生物多样性生态功能区，分别承担水源涵养和生物多样性维护功能。

目前，对该州已建成的城区污水处理厂进行提标改造，排放标准达到I级A，力争合作市污水处理率达到92%，其他县城污水处理率达到83%以上。

《最强寒潮来袭，煤电气全力保供进行时》2017年，海南省政府、省住建厅曾发文力争“抚平”各市县因为烂尾楼形成的城市“伤疤”，但“龙城天地”项目并无动静。屯昌县住房和城乡建设局方面透露，由于“龙城天地”项目先后被全国10家法院轮候查封20多次，他们也束手无策。